88法令遵守規程の制定 平成19年のコムスン事件をきっかけとして関係法令が改正され、法人に「法令遵守規程の整備」が求められ、厚生労働大臣に対し関係別監査」に区分され、「一般監査」は事業全般にわたり定期的に実施、「特別監査」は特に問題があって理事長が命じた場合と法人監事が実施を命令した場合に行う。対象は支部・施設及び実施事業で、監査内容は「業務」と「会計」の2種類に分かれ、業務の監査項目は「組織運営」「事業」「管理」「無料低額診療事業」「その他」、会計は「予算、決算」「資産管理」となっている。 このうち監査指導室は各支部・施設及び事業所を訪問して業務監査を行う。平成22年10月には業務監査指導チェックリストを作成し、支部規則、決裁規定、文書管理規程類の整備および支部理事会の運営、資産管理ならびに無料低額診療事業に重点を置いてチェックしている。 この業務監査は平成22年度から毎年度期初に計画を立案し、6月から2月にかけて監査を実施、令和3年度で4巡目に入った。当初は監査指導室と社会福祉・地域包括ケア課が合同で当たっていたが、無料低額診療事業については27年度から同課が単独で行っている。業務監査実績は次の通り。 平成22年度 13支部・49施設 平成23年度 13支部・37施設 平成24年度 11支部・40施設 平成25年度 10支部・49施設 平成26年度 12支部・51施設 平成27年度 17支部・88施設 平成28年度 11支部・75施設 平成29年度 24支部・109施設 平成30年度 15支部・84施設 平成31年度（令和元年） 13支部・95施設 令和2年度 5支部・40施設 （令和2年度は新型コロナにより一部を次年度に延期）
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